سلول ها معمولا آنقدر کوچک هستند که با چشم غیر مسلح دیده نمی شوند. یکی از ابزار هایی که برای بررسی ساختار سلول مورد استفاده قرار می گیرد میکروسکوپ است . پس میکروسکوپ ابزار مشاهده ی سلول ها می باشد.
میکروسکوپ ها به طور کلی به دو دسته ی میکروسکوپ نوری و میکروسکوپ الکترونی تقسیم می شوند. میکروسکوپ های نوری به منظور سنجش و مشاهده ی سلول ها با بزرگنمایی نسبتا کم و میکروسکوپ های الکترونی برای مشاهده سلول ها و ساختار های سلولی با بزرگنمایی بسیار زیاد مورد استفاده قرار می گیرند.
الف) میکروسکوپ نوری(LM) : از نور مرئی برای نشان دادن ساختار های سلولی بهره می برد.نور مرئی از نمونه عبور کرده و نهایتا به عدسی شیشه ای می رسد. عدسی ها نور را به گونه ای می شکنند که تصویری بزرگ شده از نمونه به چشم می رسد. کنند این میکروسکوپ های مرکب نامیده می شوند زیرا شامل دو عدسی شیئی و چشمی است که برای تشکیل تصویر به هم کمک می کنند .
بزرگنمایی و قدرت تفکیک :
بزرگنمایی کلی یک میکروسکوپ نوری مرکب برابر است با حاصلضرب بزرگنمایی عدسی شیئی و عدسی چشمی آن . بزرگنمایی عدسی چشمی بین ۱۰ تا ۲۰ و بزرگنمایی عدسی شیئی بین ۱۰ تا ۱۰۰ می باشد. بنابراین بزرگنمایی حدودا ۲۰۰۰ بالاترین حد ، برای میکروسکوپ های نوری است. بیشترین قدرت تفکیک ممکن ، در میکروسکوپ نوری مرکب حدود ۰٫۲میکرومتر است . به این معنا که دو جسمی که به هم نزدیک تر از ۰٫۲ میکرومتر باشند قابل تفکیک به صورت جدا و منفرد نیستند.
میکروسکوپ نوری زمینه – روشن : در این میکروسکوپ نمونه ها به علت تفاوت های اندک در کنتراستی که بین آن ها و محیط اطرافشان وجود دارد ، قابل مشاهده هستند . تفاوت های کنتراست به این خاطر به وجود می آیند که سلول ها نور را به درجات متفاوتی جذب یا متفرق می کنند . این نوع میکروسکوپ بیشتر در دروس عملی زیست شناسی و میکروبیولوژی کاربرد دارند.
توجه : سلول های باکتریایی را اغلب به سختی می توان با میکروسکوپ نوری زمینه – روشن مشاهده کرد زیرا خود سلول ها فاقد کنتراست موثر نسبت به محیط اطرافشان هستند . باکتری های رنگیزه دار استثنا هستند چرا که رنگ موجود در آنها کنتراست را افزایش می دهد و باعث بهبودی تشکیل تصویر می شود.
